Das Entscheidungsverfahren zu den Forschungsbauten sieht vor, dass die Länder jährlich dem Bund und dem Wissenschaftsrat Anträge auf Bewilligung eines Forschungsbaus zuleiten. Aufgabe des Wissenschaftsrats ist es, Empfehlungen dazu abzugeben, welche der von den Ländern gemeldeten Maßnahmen realisiert werden sollen und zudem eine Reihung aller Vorhaben vorzunehmen, die sich an deren wissenschaftlicher Qualität und überregionalen Bedeutung festmacht. Auf dieser Grundlage entscheidet die Gemeinsame Wissenschaftskonferenz einmal jährlich über die Aufnahme von Vorhaben in die gemeinsame Förderung von Bund und Ländern.
In einem Leitfaden sind die Verfahrensgrundsätze und Kriterien für die Begutachtung von Forschungsbauten festgelegt.